Alezio ha origini antichissime poiché c'è chi la dice fondata da Lizio Idomeneo (mitico re di Creta), e chi dai Messapi che, per ricordare la loro patria e la loro capitale, la città di Alytia, nell'Acarnania, la chiamarono similmente Alytia.

Plinio descrive la topografia della Japigia e indica la città di Alezio fra le più importanti della Regione. Secondo il noto storico latino gli Aletini discendevano dagli Japigi, derivati questi dagli Osci (popolo italico insediatosi in Campania tra il XI e VIII secolo a.C.), come hanno poi confermato le molte epigrafi rinvenute ad Alezio, scritte con caratteri Osci (Messapici).

A pochi metri dal centro urbano, in località Monte d'Elia, è stata trovata una necropoli messapica utilizzata tra il VI ed il II secolo a.C. sono state scoperte vari tipi di sepoltura.

Dalle ricerche effettuate, Alezio risulta essere un centro importante nel VI secolo a.C. grazie ai contatti e i continui scambi culturali con la città greca di Taranto spesso alleata e nemica.

Intorno all'anno 1000, Alezio venne distrutta dai Saraceni e i suoi abitanti si rifugiarono nella vicina isola di Gallipoli. Il paese venne abbandonato sino al XII - XIII secolo, periodo in cui venne edificato il tempio dedicato a Santa Maria della Alizza o Lizza (festeggiata il 15 agosto di ogni anno) ad opera di alcuni monaci basiliani. Venne così ricostruito Casal d'Alezio, un vallaggio di modeste dimensioni che restò tale sino al XVII secolo.

Per registrare una ripresa del casale bisogna arrivare al 1714-1715, quando due proprietari terrieri, Antonio Coppola e Francesco Alemanno (detto "picciotto"), concessero il terreno ad alcuni contadini. La tradizione vuole che in onore di quest'ultimo, Casal d'Alezio venne chiamato Villa Picciotti. Secondo un'altra ipotesi, il nome sarebbe derivato dalle presenza nel porto di Gallipoli di molti pescatori siciliani che alloggiavano con le loro famiglie in alcuni casolari intorno alla chiesa della Lizza.

Nel 1854 il piccolo centro ottenne l'autonomia amministrativa e nel 1873, re Vittorio Emanuele II autorizzò la sostituzione del nome di Villa Picciotti in quello messapico di Alezio.

Lo stemma raffigura la fenice, mitico uccello sacro ed un rotolo di carta, in cui c'è l'iscrizione post fata resurgo, che significa rinasco dopo gli avversi destini. Sotto la fenice si scorge l'iscrizione Alexias (ΑΛΙΧΙΑC) in lettere messapiche.

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