Giuggianello per alcuni avrebbe preso il nome da una vasta tenuta di giuggioli (ziziphus jujuba); Per altri altri storici avrebbe preso il nome da un Centurione o da un altro comandante della stazione romana Giuggianus. 

Giuggianello ha un territorio ricco di testimonianze di una preesistenza umana già all’epoca del Neolitico. I siti più significativi della preistoria sono: Monte San Giovanni, Quattromacine e i Massi della Vecchia.

Si possono ammirare nel territorio i menhir Polisano e Crocecaduta e il dolmen Stabile o Quattromacine. Quest’ultimo rientra nell’età del bronzo, nella prima metà del II millennio a.C.

Quattromacine è un casale medioevale "Quattor Macinarum" tra Bisanzio e l'Occidente. Un attestato di Federico II di Svevia nel 1219 conferma la sua dipendenza dall'arcivescovo di Otranto.

Gli abitanti inizialmente vivevano in contrada "Muntemasciu" (Monte Maggio) poi per la mancanza di acqua e per la presenza di una gran quantità di serpenti discesero a valle dove, per l’abbondanza di acqua e per il terreno pianeggiante e fertile, cominciarono a dedicarsi alla coltivazione delle terre in precedenza ritenute paludose e improduttive. 

Si è convinti che presso ogni insediamento romano, nato in seguito all’estensione dei domini di Roma sulla città di Taranto e su tutta la Messapia fino al capo di Leuca, si recavano triunviri con l’incarico di dividere i terreni e assegnarli ai soldati.
Ad ogni soldato si destinava una superficie di cinquanta Jugeri o moggi di terra;
Al centurione cento Jugeri o moggi di terra;
Al cavaliere centocinquanta Jugeri o moggi di terra.

Nei campi loro assegnati costruivano case, ville per loro e per i coloni che tutti insieme costituirono il Casale o villaggio.
Il piccolissimo casale di Juianellum (altro nome medioevale del paese) in seguito alla distruzione di Muro, avvenuta per mano dei Saraceni nel 924, ottiene un considerevole aumento di popolazione in quanto parte dei cittadini scampati dagli eccidi di questi mori, si stabilirono definitivamente fondendosi con le popolazioni preesistenti.

Con l’avvento dei Normanni, nel 1192, il casale passò al contado di Lecce governato da Tancredi d’Altavilla e successivamente al principato di Taranto. Sotto il governo di Giovannantonio Orsini del Balzo, principe di Taranto, nel 1434 si ebbe il privilegio che definiva i termini dei feudi di Muro, Sanarica, Giuggianello e Minervino che furono cagione di gravi disordini bagnati nel sangue degli abitanti. 

Nel 1749 la famiglia Lubelli, non avendo successori diretti, perde il feudo che ricade nel Regio Fisco. Fu venduto e acquistato dall'arcivescovo di Otranto riuscendo così ad unificare il territorio che lo tenne sino alla soppressione della feudalità col titolo di barone di Giuggianello.

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