L'etimologia di Felline deriverebbe dal termine latino figlinae, ossia laboratori artigianali per la produzione della ceramica. Si ha testimonianza infatti di una fornace, attiva fino al I secolo a.C., intorno al quale si sviluppò probabilmente un piccolo nucleo abitato.

Il territorio è stato abitato fin dalla preistoria come testimoniato dalla presenza di alcuni menhir. Il primo nucleo abitato è sorto probabilmente nel III secolo a.C. in periodo romano. Numerosi ritrovamenti archeologici fanno ipotizzare che Felline sia sorto come sobborgo della vicina città messapica di Ugento, la dove era presente un importante centro per la produzione della ceramica. 

Con la caduta dell'Impero romano d'Occidente, Felline conobbe un periodo di declino. Indicato nei testi antichi come terra di greci, presenta numerose testimonianze bizantine. Data la vicinanza al mare fu più volte distrutta e rischiò di scomparire definitivamente a causa delle invasioni di Saraceni e Veneziani (1480).

Secondo la tradizione parte della popolazione scampata ai massacri fondò i vicini centri di Melissano e di Alliste, paesi entrambi non visibili direttamente dal mare. Tra il 1560 e il 1570, proprio contro la minaccia turca, venne eretta lungo la costa la Torre Sinfonò.

In età medievale il casale di Felline fu assegnato da Tancredi d'Altavilla alla famiglia Bonsecolo, la quale edificò il castello. Fra il XV e il XVI secolo il feudo appartenne ai De Noha. Si susseguirono fino al XVIII secolo i Tolomei, i Cappelli e gli Acquaviva. Gli ultimi feudatari furono i Scategni che governarono il centro fino al 1809, anno dell'eversione feudale.

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